有机肥料能够使土壤中的微生物许多繁衍，特别是许多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分化菌等。.这些有利微生物，能分化土壤中的有机物，添加土壤的团粒结构，改进土壤组成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。

化肥的实践运用率只要30%～45%。丢失的化肥一部分分化开释到大气中，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收运用。当施入有机肥后，因为有利生物活动改进了土壤结构，添加了土壤保水保肥才能，从而削减了营养的流失。加上有利微生物解磷解钾效果，能使化肥有效运用率进步到50%以上。

粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。