土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收运用，而微生物代谢产物中含有许多的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成能够被植物直接吸收运用的营养元素，大大添加了土壤的供肥才能。有机肥猜中的有机质添加了土壤中的有机质含量，使得土壤粘结度降低，砂性土壤保水保肥功能变强，从而土壤形成稳定的团粒结构，便能够发挥良好的肥力和谐供给才能。用过有机肥，土壤会变得疏松、肥美。

有机肥中的有利微生物运用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其间含有许多的促成长类物质。如成长素，能促进植物伸长成长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，添加开花数、保果率，进步产值，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，到达增产增收。

粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。