生物有机肥料本身矿质营养元素含量较低，纯粹的生物有机肥氮、磷、钾总量通常不超过10%,有些农民朋友不了解这一点往往只施这一种肥料，结果使生长季中后期发生脱肥现象。微生物的生长繁殖需要消耗有机物质已提供所需的能量和营养，所以在施用生物有机肥料的同时，应增加有机肥、农家肥的施用量，最好把生物有机肥料与有机肥混合后做基肥施用。生物有机肥料在存放过程中，菌体处于休眠状态，当施入土壤后，如温度、湿度、营养等环境条件适宜，微生物便开始大量生长繁殖。但如果与化肥、石灰、杀菌剂一起施用会杀死解除休眠状态的菌体，达不到原本施肥的目的。

提高食品的安全性、绿色性，早已明文规定：农业生产过程必须限制无机肥料的过量使用，有机肥料才是生产绿色食品的主要肥源，由于有机肥料中各种营养元素比较完全，而且这些物质完全是无毒、无害、无污染的自然物质，这就为生产高产、优质、无污染的绿色食品提供了必须条件，如生长素，能促进植物伸长生长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。

有机肥广义定义，俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等，有机肥专指以各种动物废弃物(包括动物;动物加工废弃物)和植物残体(饼肥类;作物秸秆;落叶;枯枝;草炭等)，采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺(包括但不限于堆制;高温;厌氧等)，消除其中的有害物质(病原菌、病虫卵害、杂草种籽等)达到无害化标准而形成的，符合相关标准(NY525-2012)及法规的一类肥料。